PC-98の場合、ハードディスクを増設するとフロッピーディスクのドライブは自動的にハードディスクドライブの後に設定されます。ご質問の内容から推察すると、増設したハードディスクは1パーティション（1ドライブ）でお使いなのだと思います。例えば増設したハードディスクを2つのパーティションに分ければ、フロッピードライブはEになります。
エクスプローラの右クリックには「送る」というとても便利な機能があります。ファイルをフロッピーにコピーしたり（図1）、FAXやメールで送ることもできます。
ハードディスクを増設した場合、この「3.5インチFD(C)」という項目が自動的に変更されれば良いのですが、残念ながら自分で書き換えるしかありません。方法はエクスプローラを立ち上げ、Windows95→Windows→SendToを開き（図2）「3.5インチFD(C)」を右クリックして（図3）プロパティを選択します（図4）。ショートカットのリンク先をDに書き換えます。最後に「3.5インチFD(C)」を「3.5インチFD(D)」に名前の変更をすればOKです。
図1：マウスの右クリックでフロッピーにコピー 図2
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図3 図4
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