フロッピーディスクは通常購入したら使用する機種に応じてデータを書き込むための、フォーマット（初期化）という作業が必要です。最近では各機種用にフォーマット済みのフロッピーディスクが販売されています。98用 2HD 1.2MB、DOS/V用 2HD 1.44MB、Mac用などと分かれて売られていると思います。ご質問の内容は、この98用を購入しに行ったのに、DOS/V用でも大丈夫だと店員の人に言われたのだと思います。
現在Windows95環境のフロッピーディスクフォーマット形式の標準は1.44MBといってDOS/V用として販売しているものです。どの機種からかはっきりと覚えてはおりませんが、かなり前の機種からPC-98でもこの1.44MBのフォーマット形式を扱えるようになっています。
CPUがPentiumのPC-98なら間違えなく扱えます。（ただし、1.44MBを使えるのは3.5インチFDD搭載機だけです。）1.44MBが使えることで、DOS/V機とフロッピーの受け渡しもできますし、1.2MBに比べより多くのデータが同じフロッピーに保存できるメリットがあります。更に98ブランドとして売っているフロッピーディスクより安く購入することが出来ます。
ただし、MS-DOSで使用する場合、次のことに注意してお使い下さい。
１．MS-DOSの起動ディスクとしては使えない。
→1.2MBでなくては起動ディスクにはなりません。1.44MBのフロッピーを1.2MBに再フォーマットして作成する必要があります。
２．MS-DOSのバージョンが古い場合、フロッピーを認識しない。
→例えばDRA-CAD2 V2でエラーが起こり、メモリ上に残っているデータを再起動して復旧する方法があるのですが、この再起動に使うディスクがMS-DOS 2.11のため新しいディスクに1.44MBのフロッピーを入れても認識しないので復旧できない場合があります。
また、お手持ちのフロッピーを1.44MBのフロッピーにフォーマットし直す場合は、Windows95の場合、マイコンピュータ→3.5インチFD→右クリック→フォーマットで作成できます。MS-DOS6.2の場合は FORMAT/4 でフォーマットできます。
左がDOS/V用、右がPC-98用のフロッピーディスク
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